Tesla Note เป็นเรื่องราวเกี่ยวกับ Mission T หรือก็คือภารกิจกู้โลกที่องค์กรสายลับต้องออกตามหามรดกของนักประดิษฐ์อัจฉริยะนามว่า Nikola Tesla ให้ครบทั้งหมด ก่อนที่มันจะถูกนำไปใช้ในทางที่ชั่วร้าย และผู้ที่ถูกเลือกให้มารับภารกิจนี้ก็คือ Negoro Botan นักเรียนมัธยมหญิงผู้ถูกฝึกฝนให้เป็นนินจามาตั้งแต่ยังเล็กๆ กับ Kuruma หนุ่มหล่อผู้อ้างตัวว่าเป็นสายลับอันดับหนึ่ง