Digimon Xros Wars ในโลกมนุษย์ คุโด ไทกิ เด็กหนุ่มผู้มีความสามารถพิเศษในด้านกีฬาทุกรูปแบบ ฮิโนะโมโตะ อาคาริ เพื่อนสนิทของไทกิ หลังจากแข่งขันกีฬาบาสเกตบอลแล้วได้พบกับ ซึรุกิ เซนจิโร่ เด็กหนุ่มผู้ที่คิดว่าเป็นคู่ปรับของไทกิได้ท้าสู้กับไทกิแต่ว่าไทกิได้ยินเสียงทำนองดนตรีประหลาดพร้อมกับเสียงลึกลับที่ได้ยินแค่ไทกิเท่านั้น แต่แล้วเหตุการณ์ประหลาดในโลกมนุษย์เริ่มขึ้นเมื่อระบบสื่อสารในโลกมนุษย์มีความผิดปกติขึ้นมา ไทกิ, อาคาริ และ เซนจิโร่ ได้ไปที่ต้นเหตุจึงพบกับสิ่งมีชีวิตปริศนาโดยต้องการให้ไทกิเข้าร่วมกองทัพทำให้ไทกิและเพื่อนทั้ง 2 ถูกเข้ามิติในโลกดิจิตอล ไทกิได้พบกับดิจิมอนที่มีชื่อว่า เซาท์มอน ดิจิมอนผู้ชื่นชอบเสียงเพลง บาริสตามอน ดิจิมอนผู้ช่วยของเซาท์มอน ทำให้ไทกิต้องเผชิญหน้ากับ กองทัพจักรวรรดิบากุระ กองทัพดิจิมอนที่ชั่วร้ายซึ่งทำลายระบบเน็ตเวิร์คในโลกมนุษย์พร้อมกับโลกดิจิตอล ไทกิจึงร่วมต่อสู้และสร้างกองทัพที่มีชื่อว่า ครอสฮาร์ต ขึ้นมา

ในขณะเดียวกันกองทัพที่ต่อกรกับบากุระยังมีอีก 2 กลุ่มคือ บลูแฟลย์ กองทัพสีน้ำเงินผู้มีดิจิมอนที่มีพลังแข็งแกร่งนำทีมโดย อาโอนุมะ คิริฮะ เจเนรัลของบลูแฟลย์ และ ทไวไลท์ กองทัพลึกลับที่มีจุดประสงค์อันลึกลับนำทีมโดย อามาโนะ เนเนะ ทั้ง 2 กลุ่มเป็นทั้งคู่ปรับและมิตรทำให้ไทกิเจออุปสรรคในการช่วยเหลือโลกดิจิตอล