Zetsuen no Tempest ปมปริศนา ศึกมหาเวทย์ เกี่ยวกับเรื่องราวหลายปีก่อน เกิดเหตุฆาตกรรมคนในครอบครัวและน้องสาวของ ฟุวะ มาฮิโร่ โดยที่หาตัวฆาตกรไม่เจอ และในวันหนึ่งเขาก็ได้หายตัวไปจากโรงเรียน เวลาผ่านไปนาน หลังจากมาฮิโร่หายตัวไป โยชิโนะ เพื่อนสนิทได้มาพบเขาอีกครั้ง และพบว่าเขาใช้พลังเวทได้ เพราะได้รับคำแนะนำจากฮาคาเสะที่ติดบนเกาะและรับเควสต่างๆ จากเธอ ซึ่งเธอจะช่วยค้นหาผู้ร้ายให้เขา ด้วยความรั้นของมาฮิ…