Medaka Box คุโรคามิ มาดากะ เมดากะ เด็กสาวสุดแกร่งแห่ง รร.ฮาโนกิวะ ที่ได้ก้าวขึ้นมาเป็นประธานนักเรียน โดยเธอได้ริเริ่มจัดทำกล่องที่รับเรื่องราวร้องทุกข์ตลอด 24 ชม. 365 วัน ตลอดปี ซึ่งเธอและทีมงานคณะกรรมการนักเรียนพร้อมที่จะแก้ไขปัญหาทุกเมื่อ จนต้องเข้าไปพัวพนกับศึกสงครามสู้รบในโรงเรียนอยู่เนืองๆ